原理是在一定溫度范圍內，溫度越低，細菌繁殖越慢；溫度越高，繁殖越快。但溫度太高，細菌就會死亡。不同的細菌有不同的最適生長溫度和耐熱、耐冷能力。巴氏消毒其實就是利用病原體不是很耐熱的特點，用適當的溫度和保溫時間處理，將其全部殺滅。但經巴氏消毒后，仍保留了小部分無害或有益、較耐熱的細菌或細菌芽孢。
 

　　“低溫長時間”(LTLT)處理是一個間歇過程，如今只被小型乳品廠用來生產一些奶酪制品。“高溫短時間”(HTST)處理是一個“流動”過程，通常在板式熱交換器中進行，如今被廣泛應用于飲用牛奶的生產。通過該方式獲得的產品不是無菌的，即仍含有微生物，且在儲存和處理的過程中需要冷藏。
 

　　將溫度控制儀設定好PU值給轉化為各溫區(qū)水槽的實際控制溫度的曲線，在通過對于溫度的檢測精確的控制各溫區(qū)的溫度的變化。主傳動電機帶動上下兩層的輸瓶鏈網將物料一次的經過三個溫區(qū)的逐級的升溫預熱，和兩個溫區(qū)的殺菌以及三個溫區(qū)的逐級的降溫和冷卻的過程。
 

　　巴氏殺菌機配備有冷水循環(huán)系統(tǒng)，通常的制冷方式有兩種，一種是：壓縮機制冷，這種制冷的方式速度快，效果好，還一種制冷方式是冷水循環(huán)制冷，主要是采用物理的降溫方式，將對來講成本要低很多。